Las primeras comunidades cristianas estables aparecen suficientemente arraigadas en la Lusitania ya en el s. III. La carta de san Cipriano al clero y pueblo de Emérita Augusta (255-257) es el documento más antiguo que poseemos de la Provincia Metropolitana de Lusitania, con capitalidad en Augusta Emérita, de la que fueron sufragáneas las diócesis de Pace (Beja), Olissipona (Lisboa), Oxonoba (Silves), Idigitania (Diana a Velha), Conímbriga (Coimbra), Bisseon (Víseu), Lameco (Lamego), Caliabria (¿?), Elbora (Évora), Salmántica, Ábula (Ávila), Cauria (Coria) y Numancia (Zamora), de las que solamente Caliabria ofrece dudas sobre su localización.
Concatedral de Mérida
En el s. IV aparece el pontificado de Liberio que asistió al Concilio de Iliberis (311) y al celebrado en Arlés (314). Fue el primer Arzobispo de Mérida después del Edicto de Tolerancia promulgado por Constantino el Grande (313); le sucedió Florentino, de quien se conservan pocos datos. Hacia finales de esta centuria se sitúa el pontificado de Idacio, que persiguió junto con el Obispo Itacio de Oxonoba, al hereje Prisciliano y a sus partidarios (384-400) hasta conseguir su condena a muerte. Esto le ocasionó un duro enfrentamiento con sus feligreses, que terminaron por deponerle. Siguen Patruino (385-402) y Gregorio –citado en una de la Decretales de Inocencio III-. La ocupación de Hispania por los pueblos germánicos no afectó a la Sede Metropolitana de Mérida, que fue respetada.
Continúa la sucesión con Antonio (445-449), que lucha contra maniqueos y priscilianistas; y Zenón (c 483), Vicario Apostólico en España. Paulo de Mérida (530-560), médico de origen griego, promovido a la Sede Arzobispal ya en el siglo VI y cuyo largo pontificado fue uno de los más comprometidos por la lucha contra los herejes arrianos, mayoritarios en la diócesis. Asoció a la Sede a su sobrino Fidel, que le sucedió al morir.
A Fidel le sucedió en la Silla Metropolitana la relevante figura de Maussona, el más destacado de los arzobispos de Mérida y una de las personalidades más notables de su época. Sufrió persecución por parte del Rey Leovigildo para que se hiciera arriano; aconsejó al príncipe Hermenegildo, convertido al catolicismo, y asistió al III Concilio de Toledo (589), en el que el Rey Recaredo abjuró de la herejía arriana y se convirtió al Catolicismo.
A este sucedieron en la Silla metropolitana, durante el s. VII: Inocencio (606-616); Renovato (616-632); Esteban I (632-637) que estuvo en el IV Concilio de Toledo; Oroncio (638-653) que asistió al VII y VIII Concilios de Toledo; Profirio (666); Festo (672); Esteban II (680-684) que asitió al XIV Concilio toledano; un Zenón, cuyo pontificado se cree tuvo lugar en el s. V; Máximo (688-693), y Ariulfo, último de los metropolitanos que corresponde a época visigoda, ya que en su pontificado se produjo la invasión y ocupación de Lusitania por los musulmanes.
Esta ocupación de Mérida por los bereberes africanos (714) bajo el mandato de Mussa-Ibn-Nusair no debió significar una ruptura en la línea de sucesión de los arzobispos emeritenses, ya que aún bajo la dominación musulmana se menciona a Arulpho (862), citado por San Eulogio de Córdoba como uno de los asistentes al Concilio de aquella ciudad convocado por el Emir Abd-Al-Ramán II para combatir los martirios voluntarios de los mustárribbin o mozárabes, refugiándose en la fortaleza de “Bathalios” (Badajoz) bajo la protección del reyezuelo Ibn-Merwan Al Giliqui (El Gallego), renegado cristiano que se había sublevado conta el Emir cordobés.
Ya en el siglo X, bajo el Califato de Córdoba, se nombran obispos baicienses como Theudocutus (904); Iulius (932), en época de Abd-Al-Raman II En-Nassir y Daniel (1000).
Catedral de Badajoz
Ya no sería hasta el s. XII (1119) cuando el Papa Calixto II, al crear la Provincia Metropolitana de Santiago de Compostela, trasladó a ella todos los derechos y privilegios, así como las sedes sufragáneas de la Lusitania hasta que se reconquistase Mérida y se repusiese su Silla Arzobispal. Esta circunstancia se produjo en 1228, cuando el Rey de León Alfonso IX tomó la ciudad al poder musulmán; pero el hecho de que colaborasen con el monarca leonés el Arzobispo de Santiago, D. Bernardo, y el Maestre de la recién creada Orden y Caballería de Santiago, hizo que ninguno de los dos estuviese dispuesto a restablecer la Sede Metropolitana.
El Papa Gregorio IX insistió en la restauración de las Sedes de Mérida y Badajoz (Bula del 29 de octubre de 1230) al citado Arzobispo D. Bernardo, quien dio cumplimiento a las exigencias del Pontífice, nombrando obispos para ambas diócesis. El de Mérida fue D. Alfonso, porcionario de la Iglesia de Santiago, pero sería anulado su nombramiento a los pocos meses por el mismo arzobispo. Y con el fin de evitar una nueva restauración, cedió Mérida y su tierra a los Caballeros de la Orden de Santiago, que establecieron en ella el Provisorato de la Provincia de León de dicha Orden.
No sería hasta el reinado de Alfonso X El Sabio cuando se crease en Badajoz un cabildo catedralicio, con sus privilegios, y se determinase una circunscripción territorial propia, separada de la jurisdicción de las órdenes de Caballería, por la Bula del Papa Alejandro IV (1255) que nombró obispo de la diócesis a Fray Pedro Pérez.
El área territorial diocesana de la Sede Pacense fue durante siglos muy pequeña, ya que se extendía en una pequeña franja estrecha sobre la frontera portuguesa, desde Alburquerque hasta Zafra y Fregenal de la Sierra. El acontecimiento histórico más relevante para esta diócesis fue la publicación de la Bula “Quo Gravius” (1873), del Papa Pio IX, por la cual se suprimían los Prioratos de las Órdenes Militares de Santiago (Llerena) y de Alcántara (Magacela y Zalamea de la Serena), cuyos amplísimos territorios jurisdiccionales quedaron, en su gran mayoría, integrados en la Diócesis de Badajoz; con lo cual aumentaría en más de cinco veces su superficie territorial y su población.
Ceremonia de Instauracion de la Provincia Eclesiástica de Mérida-Badajoz en el Teatro Romano de Mérida
Ya en el s. XX, se modificarían de nuevos sus límites diocesanos por un Decreto de la Sede Apostólica (1958) que agregó al Obispado de Badajoz el Arciprestazgo de Castuera, que venía perteneciendo al de Córdoba, así como algunos pueblos de la Diócesis de Coria. En cambio, perdió el Arciprestazgo de Montánchez, que quedó agregado a la Sede Cauriense.
Con estas modificaciones la Diócesis de Badajoz quedó con una extensión de 17.396 kilómetros cuadrados, y una población aproximada de seiscientos mil habitantes, que representan prácticamente la totalidad de la provincia de la Baja Extremadura.
Por último, el día 28 de julio de 1994, Su Santidad el Papa Juan Pablo II, por la Bula “Universae Ecclesiae sustinentes” crea la nueva Provincia Eclesiástica de Mérida-Badajoz, que comprende a las tres diócesis extremeñas: Badajoz, Coria-Cáceres y Plasencia, y nombra primer Arzobispo de la nueva Sede Metropolitana a Monseñor Antonio Montero Moreno, que toma posesión de la Archidiócesis en el acto de ejecución de dicha Bula, en Mérida, el día 12 de Octubre de 1994.